Йоркский университет состоит из следующих подразделений:
Отделение свободных искусств и прикладных наук (англ. Faculty of Liberal Arts and Professional Studies; фр. Faculté des arts liberaux et des sciences professionnelles), общеобразовательное подразделение, предлагающее наибольший выбор учебных направлений. Образовано в 2009 году в результате слияния дневного Отделения искусств с вечерним Отделением гуманитарных и прикладных наук им. Аткинсона.
Юридическая школа Осгуд-Холла (англ. Osgoode Hall Law School; фр. École de droit Osgoode Hall), одно из старейших и наиболее престижных юридических учебных заведений Канады. Основана в 1889 году как независимый вуз. В 1969 году стала дочерним учреждением Йоркского университета.
Школа бизнеса им. Шулиха (англ. Schulich School of Business; фр. École des hautes études commerciales Schulich), основана в 1966 году. Названа в честь канадского бизнесмена и мецената Сеймура Шулиха. Предлагает высшее образование (бакалавриат и магистратура) в области управления. Школа признана лучшим учебным заведением своего рода в Канаде и вошла в двадцатку лучших бизнес-школ мира (11-е место), по данным Уолл Стрит Джорнал на 2007 год.[4]
Глендон-Колледж (англ. Glendon College; фр. Collège universitaire Glendon) — двуязычный институт свободных искусств. Функционирует как отдельный кампус и осуществляет самостоятельный приём студентов. Является одним из немногих университетских и внутриуниверситетских учреждений Канады, где студенты обязаны получить образование на обоих официальных языках страны — английском и французском.
Отделение педагогики (англ. Faculty of Education; фр. Faculté des sciences de l'éducation).
Отделение исследований окружающей среды (англ. Faculty of Environmental Studies; фр. Faculté des études environnementales).
Отделение естественных наук и инженерии (англ. Faculty of Science and Engineering; фр. Faculté des sciences et de l'ingénierie). Йорк — единственный университет в Канаде, подготавливающий как бакалавров, так и магистрантов в области метеорологии.
Отделение здравоохранения (англ. Faculty of Health; фр. Faculté de la santé), основано в 2006 году.
Отделение изящных искусств (англ. Faculty of Fine Arts; фр. Faculté des beaux arts), единственный институт в Онтарио, специализирующийся на подготовке студентов в эстетических видах искусства. Основан в 1968 году. Старейший и крупнейший институт Канады, присваивающий степень в танцевальном искусстве.
Отделение дипломных исследований (англ. Faculty of Graduate Studies; фр. Faculté des études supérieures) — магистратура и аспирантура.
Научно-исследовательские институты включают Йоркский институт социальных исследований, Центр публичного права и публичного порядка, Центр землеведческих и атмосферных исследований, Центр канадоведения им. Робартса, Центр практической этики, Центр феминистских исследований, Канадский центр германистики и европоведения, Центр иудаистики и др.
В университете функционирует 6 библиотек, в которых содержится более 6,5 миллионов материалов, в том числе 2 миллиона книг. Библиотека школы Осгуд-Холла содержит крупнейшую в Содружестве коллекцию юридической литературы. С 2009 года, по решению Парламента Онтарио, на территории Йорка располагаются Государственные архивы Онтарио.
Среди прочих достояний университета — Йоркская художественная галерея, Театр им. Сандры Фэр и Ивана Фецана (на 325 чел.), обсерватория, а также иммерсионное виртуальное пространство — «АЙВИ» (особая комната для исследования ориентирования человека в Космосе, восприятия притяжения и движения).